O Omeprazol é indicado para tratar certas condições em que haja muita produção de ácido no estômago. É usado para tratar úlceras gástricas (estômago) e duodenais (intestino), e o refluxo gastro-esofágico (quando o suco gástrico do estômago volta para o esôfago). Muitas vezes o omeprazol é usado também na combinação com outros antibióticos para tratar as úlceras associadas às infecções causadas pela bactéria Helycobacter pylori. O omeprazol também pode ser usado para tratar a doença de Zollinger-Ellison, que é quando o estômago passa a produzir ácido em excesso. Também é usado para tratar dispepsia, condição que causa acidez, azia, arrotos ou indigestão. Em complementação, o omeprazol é usado para evitar sangramento do trato gastrintestinal superior em pacientes seriamente doentes.
